Il Presidente ha la rappresentanza legale dell'AIFA e presiede il Consiglio di amministrazione. In particolare:

• sovrintende al complesso delle attività dell’AIFA, delle Aree e degli Uffici, anche tenuto conto degli indirizzi del Ministro della salute;
• cura, sulla base degli indirizzi del Consiglio di amministrazione, i rapporti con i Ministeri vigilanti e le altre Amministrazioni, con gli Istituti di ricerca pubblici e privati; con le società scientifiche; con le associazioni industriali; con le associazioni dei consumatori e dei pazienti; con le organizzazioni e gli organismi internazionali, ivi comprese le Agenzie degli altri Paesi e l'EMA;
• stipula con il Ministero della salute la convenzione di durata triennale ai sensi dell’articolo 4, comma 3, del Regolamento AIFA;
• firma gli atti e i documenti che impegnano l’AIFA nei confronti di soggetti pubblici e privati, ferme restando le disposizioni vigenti in materia di dirigenza;
• rappresenta l’Agenzia nelle trattative sindacali;
• ha il potere di promuovere e resistere alle liti, di conciliare e transigere, avvalendosi degli Uffici dell’Agenzia e, solo in casi eccezionali, di avvocati del libero foro;
• nomina, su proposta del Consiglio di amministrazione, i componenti dell’Organismo Indipendente di Valutazione della performance (OIV), nel rispetto della normativa vigente;
• sottopone al Consiglio di amministrazione, nell’osservanza degli indirizzi generali fissati dal Ministero della salute, il budget annuale e pluriennale, il budget revisionato e il bilancio d’esercizio, predisposti dal Direttore amministrativo;
• convoca e presiede il Consiglio di amministrazione, stabilendone l'ordine del giorno a seguito delle proposte del Direttore amministrativo e del Direttore tecnico-scientifico;
• in caso di urgenza qualificata, tale da non consentire l'immediata convocazione del Consiglio di amministrazione, adotta provvedimenti di competenza di quest'ultimo, da sottoporre a ratifica nella prima riunione successiva;
• trasmette al Ministro della salute, dopo l'approvazione del Consiglio di amministrazione, i periodici rapporti informativi;
• sottopone al Consiglio di amministrazione le deliberazioni relative ai programmi annuali e triennali dell'attività dell'AIFA, su proposta del Direttore amministrativo e del Direttore tecnico-scientifico;
• attribuisce, con propria determinazione, al Direttore amministrativo e al Direttore tecnico-scientifico, nell’ambito della programmazione definita, le rispettive risorse finanziarie;
• sottopone al Consiglio di amministrazione, stabilendo le relative priorità, i piani annuali di attività e i piani di impiego dei fondi disponibili;
• sottopone al Consiglio di amministrazione gli schemi di regolamento predisposti dal Direttore amministrativo e dal Direttore tecnico-scientifico, nonché le proposte normative e i relativi atti d'indirizzo interpretativo;
• sottopone al Consiglio di amministrazione gli schemi di regolamento relativi all’organizzazione e al funzionamento del Consiglio stesso;
• sottopone al Consiglio di amministrazione, su proposta del Direttore amministrativo, i criteri generali per l'assegnazione delle funzioni, per i trasferimenti e per l'attribuzione della retribuzione di posizione e di risultato per le qualifiche dirigenziali;
• sottopone al Consiglio di amministrazione, su proposta del Direttore amministrativo, nell’ambito della programmazione triennale il PIAO, provvedendo alla relativa verifica periodica;
• sottopone al Consiglio di amministrazione, su proposta del Direttore amministrativo, nel rispetto di quanto disposto dall’articolo 19 del decreto legislativo 30 marzo 2001, n. 165, i criteri di conferimento e revoca degli incarichi dirigenziali di seconda fascia, nonché degli incarichi da conferire ai dirigenti sanitari;
• partecipa al Centro di Coordinamento nazionale dei Comitati etici territoriali;
• in qualità di Datore di lavoro, nomina il Responsabile del Servizio di Prevenzione e Protezione dei Rischi (RSPP), demandando l’attività di supporto alla Direzione amministrativa.

In caso di assenza o legittimo impedimento del Presidente, le funzioni vicarie sono temporaneamente svolte dal consigliere di amministrazione designato dal Ministro della salute.

Al fine di assicurare lo svolgimento delle proprie funzioni, a supporto del Presidente operano tre uffici di livello dirigenziale non generale: Ufficio di Presidenza, affari generali e relazioni istituzionali; Ufficio Stampa e comunicazione e Ufficio relazioni internazionali, di cui i primi due strutturalmente afferenti alla Direzione amministrativa e il terzo alla Direzione tecnico-scientifica.